La Hidrografía del Municipio la conforman quebradas como Tipacoque, aguablanca, Cañabravo y la carrera o Galván; las cuales sirven para la irrigación. La parte baja del municipio se encuentra surcada por el río chicamocha.
Tipacoque es la deformación de la palabra: ZIPACOQUE, que en lengua Muisca significa: dependencia del ZIPA.
Reinaba allí una cacica cuyo principado cobijaba toda la antigua Hacienda, en sus aledaños desde el Chicamocha, hasta las montañas de Sativanorte y la Vega del vecino Onzaga; cuando vino la conquista un grupo de frailes Dominicos la despojaron de su propiedad y edificaron un convento. En 1600 la propiedad paso a manos de la familia tejada, luego a los Calderón Tejada y de estos a sus descendientes; hecho que transcurrieron más de dos siglos. A partir de 1852, cuando se abolió la esclavitud, los campesinos continuaron pagando una obligación a la Hacienda, que consistía en un jornal semanal y la mayor parte de la producción por el derecho a vivir en tierras de sus amos. En la década de los treinta, con la reforma agraria, se inicio la parcelación de la hacienda, los dueños vendieron las tierras a precios cómodos.
Cuando se creo el Municipio de Soatá, Tipacoque fue integrado a este como una vereda, más tarde, se convirtió en inspección de policía, subdividida en tres veredas: Tipacoque, Ovachia y la Carrera.
Tipacoque fue creado como municipio, mediante la ordenanza Nο 17 del 28 de Noviembre de 1968, siendo sus gestores Elvia Sandoval de Rojas y el Insigne escritor Eduardo Caballero Calderón, quien fue su primer alcalde.